توجه ویژه به موضوعات خاصِ کارهای خـیر سـبب شد بنیاد آلاء رویـکردی با عنوان «خیر ماندگار» را دنبـال کنــد که به‌سوی راهبــری دانش‌بنیــان امـور خیـــر ، گام برمی‌دارد.
این مــوضـوعــات خــاص عبــارت‌انــد از : اصـلاح نــگرش، فــرهنــگ‌ســازی و تــرویج، ایجاد انگیزه، اصلاح مدیریت، آموزش و ایجاد مهارت، پرورش سرمایه‌های انسانی، برقراری تعامل و هــم‌افزایی، مــدیریت و نهــادینه‌سازی و پشتــیـبـانی رفتــار خیـــر، مدیــریت و پشــتیبــانی ایــــده و خـلاقیــت، رفع موانع رشد امور خیر و نیز گفتمان‌ و شبکه‌سازی امور خیر. به این منظور، خیر ماندگار در چهار حوزه برنامه‌ریزی و فعالیت می‌کند: ۱.مدیریت دانش امور خیر و نیکوکاری؛ ۲.مدیریت پایش و بهینه‌سازی امور خیر و نیکوکاری؛ ۳.فرهنگ‌سازی و ترویج امور خیر و نیکوکاری؛ ۴.پرورش ســرمایه‌های انــسانی امور خیر و نیکوکاری. بنیاد کوشیده است از این طریق و با این رویـکرد، در مســیر دســتیابی به آرمان والای جامعه‌ای نیکوکار، منطبق با ارزش‌های قرآن و اهـــل‌بـیـــت(ع) حــرکـت کنـد. منظور از راهبری دانش‌بنیان امــور خیر، الگوسازی و جریان‌ســازی و بــهیـــنه‌ســـازی در حـــوزۀ
امــــور خـیــر است.
به‌عبارت دیگر، سعی‌مان بر این است با تولید و به‌کارگیری دانش در حوزۀ کارهای خیر، منابع محدود خیریه‌ها و خیّرین، عالمانه و بهینه مصرف شود. همچنین، با فرهنگ‌سازی در این حوزه، به‌جای اینکه فقط تعداد معدودی از افراد جامعه عنوان خَیّر را به دوش کشند، هر ایرانی، نیکوکاری باشد تا دست در دست یکدیگر، بتوانیم مشکلات و معضلات جامعه را بهتر و کاراتر برطرف کنیم. برای رسیدن به اهداف مدنظر، تاکنون سه مرکز به‌نام‌های پژوهشکدۀ آلاء و مرکز توسعۀ نیکوکاری و مرکز فرهنگ نیکوکاری راه‌اندازی شده است.

۱. پژوهشکدهٔ آلاء

برای اولین ‌بار در ایران، مرکزی پژوهشی در حوزۀ مطالعات جدید وقف و امور خیر، بـا همکاری بنیاد آلاء و دانشگاه اصفهان راه‌اندازی شد. این مرکز در سال ۱۳۹۵، در دانشگاه اصفهان تأسیس شد. پژوهش در حوزۀ مغفول امور خیر و نیکوکاری و گفتمان‌سازی این حوزۀ دانشی برای مجامع علمی، مأموریت اصلی این پژوهشکده است. این پژوهشکده دارای چهار گروه پژوهشی است: ۱. گروه مطالعات اقتصادی و مدیریت امر خیر؛ ۲. گروه مطالعات تاریخی و تمدنی امر خیر؛ ۳. گروه مطالعات دینی و حقوقی امر خیر؛ ۴. گروه مطالعات فرهنگی و اجتماعی امر خیر.
در این زمینه پژوهشکدۀ آلاء برنامه‌هایی را در دستور کار قرار داده است. چند برنامۀ مهم آن به این شرح‌ است:
۱.برگزاری همایش‌های ملی خیر ماندگار؛
۲. برگزاری سلسله‌نشست‌های تخصصی خیر ماندگار (مباحث جدید امور خیر)؛
۳. انتشار کتاب‌های تخصصی در حوزۀ امور خیر و نیکوکاری؛
۴. انجام‌دادن پژوهش‌های مسئله‌محور در حوزۀ امور خیر و نیکوکاری؛
۵. تهیۀ مجلۀ علمیِ‌ پژوهش‌نامۀ مطالعات وقف و امور خیر.

۲. مرکز توسعۀ نیکوکاری

دغدغۀ مدیریت بهره‌ور و توسعۀ دانش‌بنیان فعالیت‌های خیرخواهانه باعث شد مرکز توسعۀ نیکوکاری شکل بگیرد. جنس فعالیت‌های این مرکز، تسهیلگری و تنظیمگری در حوزۀ امور خیر و نیکوکاری است. به‌عبارتی، مأموریت‌های این مرکز اصلاح روش‌های مدیریت خیریه‌ها، جمع‌آوری و دردسترس‌بودن اطلاعات برای کُنشگران امور خیر و توسعۀ روش‌های نوآورانۀ نیکوکاری است. مرکز در این خصوص در نظر دارد برنامه‌هایی به این شرح اجرا کند:
۲. ۱. کلینیک نیکوکاری
کلینیک نیکوکاری مرکزی است برای خدمات‌ مشاوره‌ای و توانمندسازی برای فعالان حوزۀ اجتماعی و نیکوکاری که خود شامل سه واحد است:
۱. مرکز مشاورۀ خیر ماندگار: مرکز مشاورۀ خیر ماندگار با هدفِ دادن مشاوره‌های تخصصی و مهارتی و موضوعی در حوزۀ وقف و امور خیر و نیکوکاری به کنشگران این حیطه راه‌اندازی شده است.
۲. شتاب‌دهندۀ اجتماعی: راه اندازیِ این شتاب‌دهنده با هدف حل مسائل اجتماعی با شیوه‌های نـو آورانـه و برای گفتمان‌سازی و جریان‌سازی کارآفرینی اجتماعی در دستور کار قرار گرفته است.
۳. مدرسۀ تخصصی خیر ماندگار: در راستای پرورش سرمایه‌های انسانیِ متخصص برای امور خیر و نیکوکاری، آموزش مهارت‌های تخصصی این حوزه، تحت عنوان مدرسۀ تخصصی خیر ماندگار، در دستور کار قرار گرفت. تاکنون کارگاه‌های مهارت‌افزایی کوتاه‌مدت در موضوعات گوناگونی برگزار شده است که بر اساس ضرورت و تجربۀ به‌دست‌آمده، این دوره‌ها به‌صورت فصلی و با نظمی پیوسته برگزار می‌شود. همچنین، کمک به راه‌‌اندازی رشته‌های دانشگاهی مرتبط با حوزۀ نیکوکاری و وقف، از دیگر وظایف این مدرسه است.
۲. ۲. سامانۀ جامع خیر ماندگار
این سامانه با محوریت ایجاد اطلس نیکوکاری ایران طراحی شده است تا بتواند با دردسترس‌بودن اطلاعات امور خیر و نیکوکاری، به کنشگران این حوزه خدمت کند. البته این سامانه با بخش‌های جذب مشارکت برای خیرین، خیریه‌ها، پروژه‌های خیریه و اعتبارسنجی خیریه‌ها، به‌مرور زمان تکمیل می‌شود.

۳. مرکز فرهنگ نیکوکاری

فرهنگ‌سازی نیکوکاری در جامعه در راستای تحقق شعار «هر ایرانی، یک نیکوکار»، عاملی شد که مرکز فرهنگ نیکوکاری در خیر ماندگار شکل بگیرد. مأموریت این مرکز، تولید ایده و محتوای فرهنگی، گفتمان‌سازی، جریان‌سازی و ترویج نیکوکاری است که در این راستا، این برنامه‌ها در دست اجراست:
۱. فصلنامۀ آوای خیر ماندگار
این فصلنامه اولین فصلنامۀ اختصاصی در حوزۀ امور خیر و نیکوکاری است که به‌صورت تخصصی و پرونده‌محور به موضوعات این حوزه ورود می‌کند.
۲. رویدادهای نیکوکارانه
مأموریت این بخش از مرکز، فرهنگ‌سازیِ برگزاری رویدادهای ملی در حوزۀ امور خیر است که به‌دنبال برگزاری دو رویداد است:
جشنوارۀ خیر ماندگار: هدف این جشنواره، الگوسازی مدل‌های موفق و محفلی برای معرفی و تقدیر از فعالان موفق در حوزۀ خیر و نیکوکاری است.
نمایشگاه ملی خیریه‌ها: این نمایشگاه با هدف ایجاد تعاملات دوسویه و شبکه‌سازی و آشنایی مردم و مسئولان با توانمندی‌های حوزۀ امور خیر و نیکوکاری در دست طراحی و اجراست.
۳. پایگاه خبری‌تحلیلی نیکوکاری
ایجاد این پایگاه تخصصی برای سازمان‌های بخش سوم و رویدادهای نیکوکارانه در راستای گفتمان‌سازی نیکوکاری در دست اجراست.
۴. واحد چندرسانه‌ای
تولید محتوای نیکوکارانه به‌صورت چندرسانه‌ای شامل متن، صوت، کلیپ تصویری، پویانمایی و دیگر قالب‌های رسانه‌ای و ترویج آن، مأموریت این واحد است.